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【目的】研究三个品种马PPARGC1A基因的多态性，为马分子育种奠定一定基础。【方法】以焉耆马、伊犁马、纯血马共161匹马为对象，用PCR—SSCP、DNA测序等技术研究分析马PPARGC1A基因的多态性。【结果】焉耆马和伊犁马PPARGC1A基因均有多态性，在75682碱基处发生G→A的突变，导致等位基因A变为等位基因B，产生AA、BB、AB3种基因型，基因频率计算结果显示，焉耆马，伊犁马处于Hardy—Weinberg非平衡状态。【结论】PPARGC1A基因在焉耆马与伊犁马中均存在多态性。