2006年9月13日，在南宁新闻中心大厦，深圳航空与南宁日报社、南宁高新区分别签订了“南宁新闻中心大厦转让合同”以及“高新区合作项目”的合约。
　　深航南宁分公司2002年进驻南宁设立基地，是南宁第一家基地航空公司，在此之前，南宁航空客运吞吐量一直徘徊在100万人以下。深航进驻后，南宁的航空客运量迅速增长，促进了市场竞争，客运吞吐量逐年稳步上升，2003～2005年旅客吞吐量分别增长了24．8％、33．3％和12．5％，航班量从2002年的17799个增加到2005年的27253个，截止2006年8月31日，2006年航班量即相当于2002年全年的航班量，极大地推动了当地民航业的迅速发展。截止目前，深航南宁分公司共承运旅客80万人次，上缴税款8000多万元。4年来，深航南宁分公司持续、健康、稳步地发展，以创办“南宁人自己的航空公司”为己任，本着“永恒安全，从零开始”的安全准则，努力践行“任何时候，自然体贴”的服务；隹则，并力争在南宁投放更多的运力，开辟更多更好的航线，为南宁乃至广西的经济发展、社会进步和对外开放以及文化建设做出了积极的贡献。
　　2006年年初，深航新董事会和领导班子为深航的未来制定了 “3、6、9”发展规划：深航将以深圳为核心基地，立足深圳，面向全国乃至世界，争取用3年时间将机队规模由目前的36架扩充到80架，用6年时间达到100架，在航线布局上将更加合理和密集，国内航线和国际航线共同发展，客货运并举；实现公司管理的规范化、现代化，使管理体系更能适应市场变化的需求；将更加注重人才的引进和培养，力争用9年左右的时间使深航飞机数量增加到160架，基地建设达到8～10个，努力把深航打造成为世界上最受推崇和最有价值的航空公司，准动民族航空成为世界首选，成为特色航空的领跑者。
　　转让后的南宁新闻中心大厦将被命名为：深航大厦，用作深航综合办公大楼和飞行机组人员休息，这座大厦将解决深航目前办公场地紧缺的问题，也为深航进一步在南宁的发展提供了强有力的保障。深航2010年将在南宁投放10架飞机的运力，设想让南宁成为“深航航线网络中的重要组成部分，即成为西南地区的一个重要支撑点，成为深航飞东南亚航线出境口的航班网络战略”。
　　深航作为第一家在高新区注册成立的公司，它的发展也得到了高新区管委会及各部门的大力支持。为了支持深航用于机上配餐等生产厂房建设，高新区特别在其生产保留用地上提供了一块土地给深航，有力地支持了深航在南宁的发展。
　　南宁日报社是南宁市的强势媒体，高新区是南宁市高新技术产业的摇篮，深航是民航业内一家机制管理先进的空运企业，这三家都是在全国颇具影响的单位，此次几项合作协议的签署，是强强联合、优势互补、资源共享、精诚合作的多赢结果的真正体现，对促进深航南宁分公司的健康发展，推动南宁民用航空事业的发展有着积极的意义。深航南宁分公司作为进驻首府的第一家航空公司，一直与政府保持着密切的合作关系，市政府一直对深航南宁分公司的发展给予极大的关注，也将一如既往以高度重视、倾心支持、全力服务的态度，支持深圳航空公司暨深航南宁分公司的发展，支持深航南宁分公司做大做强。
　　深航此次与南宁日报社、南宁高新区分别签订“南宁新闻中心大厦转让”(转让金额：1．2亿元人民币)及“高新区合作项目”的合约，正是深航积极投身南宁市经济建设的重要成果，也是深航办好“南宁人自己的航空公司”信心和决心的体现。深航决心一如既往坚定地扎根南宁，服务南宁，积极参与南宁市的经济建设，不断推动南宁民航运输事业的发展，以满足广西与全国乃至世界各地日益频繁的经贸往来和交流合作。