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紫花苜蓿的根多属深性直根系,由主根和侧根组成.主根垂直向下生长可达10 m以上;侧根与主根呈一定角度向四方扩散,侧向分级生长,均匀分布在2 m深的土层内.其分布于浅层土壤中的根系,在良好条件下大量吸收土壤中的水分和营养物质,供植株生长.当土壤含水量较低时,紫花苜蓿会利用其发达的根系提高对土壤中有效水分的利用率;过于干旱时,主根会吸收深层水分补给植株.