将环境效应纳入企业技术创新效率研究框架,构建了共享投入关联型两阶段DEA模型,测算了2009—2012年安徽省16个地级市工业企业技术创新的整体效率和分阶段(科技研发阶段和成果转化阶段)效率,探索了安徽全省、皖江示范区和非皖江示范区的工业企业技术创新效率差异,并利用Tobit模型检验了其影响因素。结果表明:考察期内安徽省工业企业的技术创新整体效率偏低,其中科技研发效率不高是主要原因;皖江示范区工业企业的科技研发效率和成果转化效率均明显高于非皖江示范区的工业企业;FDI对科技研发效率的提升具有积极影响,创新氛围、产学研合作和政府支持则起阻滞作用;创新氛围、人才支持有利于成果转化效率的提升,而应用研究、FDI和环保投入对成果转化效率起负向作用,税收优惠对两者的影响均不明显。