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现行有预算和分配权资金的部门并没有真正地将资金明确落实到项目，从而出现了预留预算资金的问题。当前国家发改委、科技部、国防科工委等三个有预算分配权的部门，按经费性质审查部门预算建议数和下达预算控制权，但仍未改变这些部门的分配权限，这也就是所谓的“小财政部”现象。之所以存在这种现象，是中国经济发展的特点决定的。“小财政部”现象的存在，破坏了部门预算的完整性，与部门预算改革目标是背离的，同时也直接制约了编报部门预算的及时、完整和统一。未来政府应将这些部门目前拥有的预算分配权统一起来。