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基于X射线脉冲星的航天器自主导航依赖于精确时间的测量,因此星载时钟钟差对导航性能有不容忽视的影响。在原子钟钟差模型和航天器动力学模型基础上,提出一种考虑星载时钟钟差修正的脉冲星导航算法。仿真结果表明,该算法可以有效消除钟差的影响,保证了导航精度,研究结果对脉冲星导航的工程应用有一定的理论参考价值。