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针对复制-丢失比对问题模型,提出求解复制-丢失演化模型下两物种小系统发育问题（SPP）的模拟退火算法（SA2SP）。SA2SP引入比对算法用于构造问题初始解;引入标记算法用于构建问题解的目标函数,以得到问题解的进化代价;同时还引入3种智能邻域函数,利用基因序列的进化特性,指导性地产生邻域解。利用4种真实菌属的核糖体核糖核酸（rRNA）和转运核糖核酸（tRNA）基因数据对算法的性能进行测试,实验结果表明,SA2SP能够获得较伪布尔线性规划（PBLP）求解算法更小的进化代价,是求解复制-丢失演化模型下两物种小