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虽然我国转基因抗虫棉的研发几乎与美国同步，但与美棉相比存在着品种种性差、栽培技术不配套、种子质量不过关、产业化程度较低等劣势。1998—2000年国产转基因抗虫棉仅占黄河流域棉区抗虫棉种植面积的18．9％、35。7％和35．3％。面对与美棉的激烈竞争，在有关部委的大力支持下和有关单位的努力下。通过“抗虫棉深化研究及应用”和“转基因棉深化研究及商业化生产”等重大项目的实施，有力地推动了国产转基因抗虫棉的技术集成创新与推广应用。提高了国产转基因抗虫棉的竞争力，为确保我国棉花产业安全做出了重要贡献。