佛教思想的两大基石,即缘起理论与业力学说之间,一直存在着一种内在的不一致性,由此必然导致僧伽内部的思想分裂。小乘部派佛学和大乘中观学都在自己的立场上企图解决这一理论上的矛盾,但是这些尝试都存在着自身的困难,不能导向问题的最终解决。大乘瑜珈行派唯识种子学说的提出,在一定意义上是对这一理论的困境的回应。唯识学首先摄诸功能归于本识,然后在”万法唯识”的基础上建立起种子与现行的逻辑关系,从而将旧有的功能学说引入本体论哲学的层面。而阿赖耶识缘起理论的建立,使缘起论与业力说在种子与现行互动的因果关系的基础上融贯一致。因为阿赖耶识是因相和果相、体和用的统一,所以使作为能生和所熏的种子识与能熏和所生的现行诸识之间复杂的相互作用,构筑到阿赖耶识缘起的本体论结构之上,从而使缘起性空理论与业力轮回思想之间的矛盾得到了较为合理的解决。