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高校在国家科研力量中占据重要地位，其科研效率得到广泛关注，由此运用DEA方法对28所高校的科研效率进行评价，结果显示所选高校科研绩效良好。对弱DEA有效以及非DEA有效的高校从技术和规模上提出改进方法，并且从学校自身和外界方面提出改进建议。针对DEA本身的特点，运用交叉评价模型对相对DEA有效的高校进行评价，部分高校存在投入产出不平衡现象。通过运用DEA方法和交叉评价模型为各个高校认识其不足提供现实可能。