提高企业全要素能源效率是破解能源短缺与环境污染问题,实现碳达峰、碳中和目标的重要途径。本文改进了两步随机前沿模型,基于中国工业企业数据库与工业企业污染排放数据库合并数据对企业全要素能源效率进行测算,采用Bartik方法构建城市层面的外部需求作为工具变量,甄别了制造业集聚对企业全要素能源效率的影响。实证研究发现,样本期内制造业集聚抑制了企业全要素能源效率的改进,在一系列稳健性检验后这一结论依然成立。异质性分析发现,制造业集聚对出口企业、国有企业和较低集聚水平地区的企业全要素能源效率具有更强的抑制作用。机制分析发现,制造业集聚没有带来企业中性技术进步,也没有带来企业专利质量的显著提升,而且制造业集聚抑制了能源体现式技术进步,促进了资本体现式技术进步,还加剧了资本相对于能源的要素技术进步偏向。本文对于有序推进碳达峰、碳中和工作中如何切实改进企业全要素能源效率、夯实高质量发展的企业微观基础提供了经验证据和政策启示。