当前我国“逆城市化”和“反向户籍歧视”等现象明显有悖于已有的市民化理论认知，也很难为现有的户籍歧视和劳动者特征分析所完全解释。为此，采用反事实分析、Brown分解和工具变量等方法，论证农民工市民化方式影响其行业选择进而作用于城乡工资差距的基本逻辑，结果发现：城乡劳动力之间存在明显的就业差异，包括行业隔离和“反向户籍歧视”。进一步机制分析表明，受制于二元体制和城乡发展变化，很多农民工产生了对城镇户籍的“排斥”，偏好于选择特殊的市民化方式，即“半市民化”或“逆城市化”；而特殊的市民化方式促使农民工以经济收入为目标、自愿选择工作条件较差的行业，由此在同等条件下能够获得更多的补偿性工资，甚至形成对城镇劳动力的工资“反超”，造成了“反向户籍歧视”。在改变研究方法和替换农民工市民化的衡量指标以后结果依然稳健。因此，公平配置城镇资源、提高农民工社会保障水平、创新农地制度改革、深化劳动力市场改革等有利于改善农民工城镇生计，是推动农民工市民化进而缩小城乡就业差异的有效途径。