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校办企业与学科合作，能够相互促进，共同发展，但是在实践中，在学术研究中均受到忽视。通过分析高等院校校办企业与学科缺少合作的现象和体制问题，提出校办企业与学科建设合作共盈的思路，完善校办企业管理的组织体系，完善财务制度和激励机制，促进学科利用校办企业平台，提供科技服务，在促进学科发展的同时，增加校办企业的收入。