数字PCR检测血浆游离DNA方法的建立及在结直肠癌中的初步应用

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目的建立基于微滴式数字PCR(dd PCR)技术定量检测血浆游离DNA(cf-DNA)含量的方法,并探讨其在结直肠癌诊疗中的应用价值。方法设计β-actin特异性引物和探针,建立dd PCR检测cf-DNA绝对定量方法,根据不同浓度标准品验证该检测方法的敏感度、线性以及重复性。该法检测68例结直肠癌患者、33例结直肠良性肿瘤患者及60例健康对照者血浆cf-DNA水平,化学发光法检测其血清CEA、CA19-9水平,分析血浆cf-DNA水平与临床病理参数及血清CEA、CA19-9水平的关系,并用ROC曲线评估其诊断效能。结果本实验所建立的dd PCR方法能够检测低至10pg/μl的微量DNA模板,检测敏感度为0.29copies/μl;且在模板浓度为10pg/μl~10ng/μl的范围内线性良好(Y=-2.34+33.17X,R2=0.999);批内CV为9.85%,批间CV为11.04%。该法检测结直肠癌组、结直肠良性肿瘤组和健康对照组血浆cf-DNA水平分别为6700(3800~9925)、3100(2300~4000)、2500(1775~4000)copies/ml,结直肠癌组血浆cf-DNA水平显著高于结直肠良性肿瘤组(P=0.000)和健康对照组(P=0.000),而结直肠良性肿瘤组与健康对照组比较,差异无统计学意义(P=0.167)。结直肠癌患者血浆cfDNA水平在不同年龄、性别、肿瘤部位、分化程度、淋巴结转移以及肿瘤浸润程度间比较,差异均无统计学意义(P均>0.05),在TNM分期间差异有统计学意义(P<0.01)。结直肠癌患者血浆cf-DNA水平与CEA(r=0.210,P=0.099)和CA19-9(r=0.125,P=0.233)无相关性。ROC曲线结果显示,以5300copies/ml为cut off值,cf-DNA诊断结直肠癌ROC曲线下面积(AUC)、敏感度、特异性分别为0.931、73.3%和98.3%,高于CEA(0.762、51.7%、95.6%)和CA19-9(0.548、45.0%、82.0%)。结论建立了一种敏感、特异的dd PCR定量检测血浆cf-DNA的方法,有助于结直肠癌的辅助诊断及预后判断。
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