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1936年，由红四方面军为主组成的中国工农红军西路军，由徐向前、陈昌浩率领，西渡黄河向河西走廊进发。经过近半年的浴血奋战，仅有400多人的左支队于1937年5月进入新疆保存下来。长期以来，由于各种原因，西路军受到了不公正的对待，直到20世纪80年代，西路军问题才慢慢接近历史的真相，基本上得到了澄清。陈云不仅援接西路军左支队进疆，并将这批幸存下来的干部培养和训练成为我党特种军事技术干部，而且在新时期为西路军问题的澄清起了决定性的作用。
陈云说：“你们是革命的种子，将来可以发展到几千人，几万、几十万人，去夺取革命的胜利”
1936年10月，中共驻共产国际代表团决定组织一个既代表共产国际又代表中共中央的代表团，回国迎接执行宁夏战役计划、担负打通国际交通线的红军西路军部队，正在莫斯科向共产国际汇报的陈云被任命为代表团团长。
12月8日，陈云和滕代远率代表团乘火车离开莫斯科前往阿拉木图。中旬，代表团抵达靠近新疆的霍尔果斯，看到了苏联当局准备供给西路军的坦克、大炮和其他武器弹药。几天后，西安事变爆发，由于苏共中央认为事变有日本方面的背景，故改变原来的允诺。中共驻共产国际代表团电示陈云停在边境，等候指示。
就在这期间，1937年l月中旬，西路军在高台与马家军激战失利，红五军军长董振堂以下3000人牺牲。此后，西路军虽英勇斗争，但终因寡不敌众，于3月中旬失败，余部退入祁连山腹地。西路军为保存力量，余部分3个游击支队突围，2个支队大部损失，李先念所率左支队历尽艰险，终于走出祁连山，于4月底转战到哈密境内的星星峡。
4月18日，中共驻共产国际代表团电示陈云：急速前进，赶上正往星星峡转移的西路军余部，以便接他们到苏联学习。已经遇阻四五个月的陈云立刻率中共代表团乘汽车离开霍尔果斯，于23日抵达新疆首府迪化(今乌鲁木齐)。
陈云一到迪化，便急切地展开了接援西路军的活动。首先他以中共代表身份，通过苏联的关系，与盛世才前后谈判3次达成协议。盛世才同意西路军左支队进驻迪化。这样，陈云率领盛世才提供的汽车、给养和盛世才的军事人员于5月1日赶到星星峡，与李先念率领的西路军左支队余部会合，这才知道西路军只剩400余人，部队疲惫不堪。当务之急就是安抚人心、鼓舞士气。在星星峡附近的山窝里，陈云首先代表党中央向历经千难万险、九死一生到达新疆的同志们表示亲切的慰问。他接着说：在革命斗争中，有胜利也有失败，你们虽然只剩下几百人，但你们是革命的种子，将来可以发展到几千人，几万、几十万人，去夺取革命的胜利。你们都是经过千难万险锻炼出来的革命的宝贵财富，是多少黄金也买不到的!还说，党中央对西路军的斗争始终很关心，想了很多办法来援救陷入困境的同志们。他要求大家把自己制作、使用的武器以及衣服、鞋袜等物品，一件不丢地保存起来，送到莫斯科共产国际去，让全世界的无产阶级看看中国工农红军是在什么样的艰苦条件下进行争取解放的斗争的。陈云的讲话，使历尽磨难的全体指战员受到巨大鼓舞。
5月4日，在陈云、滕代远、李先念、李卓然等率领下，西路军左支队400余人分乘几十辆汽车，向迪化进发。途经苦水时，陈云在一个沙窝再次向部队讲话，鼓励大家不要为暂时的失败灰心丧气，要看到未来的胜利前景；并提出严守秘密、遵守纪律、尊重当地民族风俗习惯、执行与盛世才的统一战线政策等要求。路上，陪同陈云等前往星星峡的盛世才的苏联顾问要求西路军放下武器，以免出事。陈云坚决不同意，说部队去迪化是接受训练，这是盛世才同意的，我们不干涉其他事务，不能放下枪！部队到这里不容易，放下枪岂不成了投降？经过反复交涉，那位苏联顾问终于同意部队携枪进入迪化。5月7日，陈云等率领西路军左支队抵达迪化，进驻西公园旁尚未启用的阜民纺纱厂职工宿舍。到后，按照事先与盛世才的商定，西路军入疆部队对外称新疆督办公署新兵营。
陈云说：“难道把我们可贵的干部可贵的无线电专家、医务专家也当兵士一样去打仗吗？”“我一个干部也不放手”
西路军出征时有2万余名将士，而陈云接到的只剩417人，其中军师级干部14人，团营连级干部70余人，无线电报务人员26人，医务人员23人，党团员占62％。在陈云看来，这些人是浪淘火炼出来的真金，是党和军队的宝贵财富，必须将他们保护好。
到迪化后，陈云领导西路军入疆部队进行休整。除安排伤病员治疗和部队每天上午进行两小时出操、晚饭后进行文娱体育活动外，着重抓了三方面工作：（一）稳定部队情绪。陈云同滕代远每星期给连以上干部作二三次报告，讲党的抗日民族统一战线的新政策、共产国际七大的精神和国际形势；利用晚上时间先后同30多名团以上干部个别谈话，强调要讲团结，先不急于究及西路军失败原因，相信党中央会在适当时机正确处理这一问题。（二）促进部队干部战士恢复身体健康。陈云除争取到新疆督办公署按每人每天50两新疆币（当时新疆币每10两相当于内地1个铜钱）给菜金、每人每月5000两新疆币给零用钱，每人发两套换洗衣服，新疆军队另赠送每人每天五六两羊肉外，还同滕代远决定由自己出钱，再给每人每天加菜金50两新疆币，以保证每餐有豆腐；给每人零用钱1万两新疆币，让大家买袜子、牙粉、肥皂。（三）组织部队学习文化。按照原有文化程度，将战士分为甲乙丙三班，分别学习初中、小学课程和进行扫盲；高中级干部则学习三角、几何、代数，以及俄文、英文，为赴苏学习作准备。教材靠从书店中买和自己编；教员则以“能者为师”的原则，由文化程度高的人担任。
6月19日，陈云致信王明并转驻共产国际中共代表团，报告在与西路军干部谈话中所了解到的西路军的一般情况、作战经过和失利原因，以及西路军余部退入祁连山后直至抵达星星峡和到迪化生活、学习的情况。陈云在信中说：到新疆的400多人经过一个多月的休息，都长得胖胖的，你们随便派哪一个来看了都会觉得他们是可爱的革命子弟。“如果现在把我们的人与本地的军队一比较，那就立刻可以看出我们的比本地的要年轻、精干、清洁、聪敏。”信中对代表团一再推迟西路军余部赴苏学习而又不肯说明原因，提出了尖锐的意见，指出：这400多人大部分是干部和技术人才，如果真要他们去打仗，战斗力不一定好；而且“难道把我们可贵的干部可贵的无线电专家、医务专家也当兵士一样去打仗吗？这不是可惜吗？这也不合国际和我们党的干部政策。”另外，其中许多干部多次负伤，身体很弱，如果有可能给他们相当的休养，对于中国革命不知要做多少工作。信中还严肃地质问“为什么不允许把必须医病和休养的干部先送苏联？为什么不允许工作委员会的领导人到国际来报告西路军的情况？我认为这件事你们必须明确答复我。……你以不理或者不着边际的‘考虑’两字来答复我，我很不满意，这个态度不能共事！是则是！非则非！应该明白答复。”信中提出，如果要西路军余部留在新疆学习军事技术，希望解决教官和学习用的汽车、铁甲车、机关枪、飞机等来源问题；再批准用8000美元购买夏天用的汗衫、短裤、毯子、被单等物品。信中还表示坚决反对共产国际派人从这400多人中随意选调和分配干部，说“我一个干部也不放手”。这些掷地有声的言辞，不仅充分表现了陈云对党和革命事业的高度责任感，对西路军将士的深厚战友情，也反映出他对西路军指战员的命运和前途的关心忧虑。
周恩来说：“陈云同志做了件好事，将来建设我们自己的空军，有骨干、有种子了”
7月15日，季米特洛夫电告陈云等：共产国际已决定西路军余部不去苏联，留在迪化组织学习。陈云意识到原先共产国际接西路军余部到苏联学习的计划和他为此所作的努力已无法实现。他决心因地制宜，就地取材，不仅要把西路军的这批精华保护好，更要把他们培养好。
当天，陈云同滕代远致信在共产国际的王明等，提出了西路军余部今后在迪化学习的计划：（一）学习军事，包括军事战术和装甲车、火炮、坦克、飞机的操作；（二）学习政治，包括中国革命的基本问题、列宁主义问题、党的历史，以及西方史和政治经济学；（三）学习语文和英文。
为了周密地实施培训计划，陈云在组织体制和学习步骤等方面采取了一系列具体措施。一是他同滕代远、李先念、李卓然研究，决定对西路军左支队入疆部队进行整编，保留西路军工委；将左支队改编为总队（后称总支队），队部设政治处、总务科，下辖4个大队，每大队编3个排，每排3个班，每班10人左右；另编一个干部队，直属工委领导。二是因原驻地阜民纱厂太小，陈云商请在迪化市东门外盛世才部队营房旁，腾出一套独立的四五间相邻的院落作为新兵营的驻地。三是希望“用苏联援助盛世才军队的现代化武器装备，训练‘新兵营’，培养各兵种的军事人才。”经交涉，苏联总顾问和盛世才“欣然同意”。四是学习培训大体可分为两个阶段。第一阶段任务是整编队伍，组织政治和文化知识学习。第二阶段，任务是分班学习现代化军事科学技术，为人民军队培养未来各兵种的干部。
在此期间，陈云给西路军入疆部队的高级干部和总支队干部队上党课，内容包括讲解《联共(布)党史》、列宁的《共产主义运动中的“左”派幼稚病》、斯大林的《论列宁主义的几个问题》和中国共产党的抗日民族统一战线的政策等。7月下旬，西路军左支队抽出20余人成立无线电训练班。10月23日，陈云、滕代远致电毛泽东、张闻天，汇报西路军入疆部队的学习情况，还建议中共中央“利用新疆在3年内培养5000军事的新干部”。25日，毛泽东、张闻天复电陈云、滕代远，表示同意将西路军人员分配到迪化各学校去学习新技术，并指示他们立即设法建立从新疆到兰州的航空交通，说此问题解决后，派送干部学习等事均可不成问题。
10月底，西路军总支队开始转入机械化武器装备的正规学习，其中以一、二大队为基础学习汽车驾驶与修理，以三大队为基础学习装甲车、坦克的驾驶与修理，以四大队为基础学习火炮的操纵。陈云在学习开始时传达了中共中央“严守纪律、安心学习”的指示，并作了“向机械化进军”的动员，指出：我们要战胜日本侵略者，不能光靠步枪、刺刀，还需要有飞机、大炮、汽车、装甲车。现在没有，将来总会有的，等有了再学就晚了。因此，从现在起就要着手培养会驾驶飞机、汽车、装甲车的人才，这是一项有战略意义的任务。
11月上中旬，陈云经与盛世才协商，决定再从西路军入疆部队中选调11人到新疆军医学校和兽医学校学习，学制2年。在这前后，陈云还与盛世才反复谈判后达成协议，由新疆航空队为八路军培训50名空地勤人员。鉴于这是中国共产党培养的第一批空军干部，为照顾原红一、二、四三个方面军中都能有人参加，决定先从西路军总支队中选出30名，再从延安选出20名。1937年11月，陈云奉中央电令回延安负责中央组织部工作之后，他还亲自到抗日军政大学和摩托学校中物色考查赴新疆航空队学习的人选，最后确定18人去新疆。这批干部于1938年2月抵达迪化，与西路军总支队挑选出的25人先后进入新疆航空队，合编为飞行班和机械班。机械班于1939年冬毕业，飞行班于1942年4月毕业。他们是中国共产党领导的武装力量中第一批空军飞行员和机械师。
1939年9月，周恩来赴苏联治疗受伤的胳膊，途经迪化时，曾专门听取吕黎平等2位航空班学员的汇报。当他听说学员学习积极性很高，成绩不错时，高兴地说：“陈云同志做了件好事，将来建设我们自己的空军，有骨干、有种子了。”
陈云：“西路军问题是一件和自己有关的事，我今年77岁了，要把这件事搞清楚”
但是，历史并不是时时公正的。
就在西路军余部奋战之时，1937年3月，在延安开展的深入揭发和批判张国焘分裂党和红军严重错误的斗争中，西路军西渡黄河被说成是张国焘背着党中央私自命令所采取的军事行动，所执行的是张国焘的逃跑主义路线，西路军的失败，被认为是张国焘路线的最后破产。从此，西路军问题成了人们不敢逾越的雷池与禁区，西路军的将士受到了不公正的对待。
20世纪80年代初，军史研究者朱玉在帮助徐向前元帅整理回忆录时，从文献史料中发现了西路军的历史真相，撰写了《“西路军”疑》一文，于1980年12月2日报送到邓小平那里。邓小平极为重视，很快就批给李先念研究。
1981年11月22日，陈云同李先念谈起西路军问题，指出：“这个问题不能回避。西路军过河是党中央为执行宁夏战役计划而决定的，不能说是张国焘分裂路线的产物。”
3个月后，在陈云住所内召开中共中央政治局常委会议。会后，陈云再次同李先念谈论西路军问题。陈云说：“西路军是当年根据中央打通国际路线的决定而组织的。我在苏联时，曾负责同他们联系援助西路军武器弹药的事，而且在靠近新疆的边境上亲眼看到过这些装备。”停了停，他动情地说道：“西路军问题是一件和自己有关的事，我今年77岁了，要把这件事搞清楚。”并建议李先念准备一份有关西路军问题的材料。
作为西路军的亲历者，当年西路军军政委员会成员、三十军政治委员，西路军最后分散游击时负责军事指挥的李先念，对西路军被诬为“张国焘路线”始终不解。他和陈云一样，要对西路军的荣辱负责。
李先念根据邓小平的批示和陈云的建议，组织干部查阅大量历史档案，于1983年写出《关于西路军历史上几个问题的说明》，指出：“西路军执行的任务是中央决定的。西路军自始至终都在中央军委领导之下，重要军事行动也是中央军委指示或经中央军委同意的。因此，西路军的问题同张国焘1935年9月擅自命令四方面军南下的问题性质不同。西路军根据中央指示在河西走廊创建根据地和打通苏联，不能说是执行张国焘路线。”
1983年1月5日，陈云看过《说明》及所附几十件电报后，委托秘书电话转告李先念办公室说，可送小平同志。陈云再次指出：“西路军打通国际路线，是党中央、毛主席过草地以前就决定的。当时共产国际也愿意援助，200门炮都准备好了，我亲眼看见的。西路军的行动不是执行张国焘的路线，张国焘路线是另立中央。”
3月8日，陈云又就西路军问题致信李先念，说：“你写的关于西路军历史上几个问题的说明和所有附件，我都看了两遍。这些附件都是党内历史电报，我赞成把此件存中央党史研究室和党的中央档案馆。可先请小平同志阅后再交中央常委一阅。”3月22日，邓小平在李先念写的说明和附件上批示：“赞成这个说明，同意全部存档。”陈云的建议，李先念的说明，邓小平的批示，在根本性质上正确地解决了西路军的历史遗案，对西路军历史问题的澄清起了决定性的推动作用。
在邓小平、陈云等老一辈革命家的关怀下，西路军问题基本上得到解决，西路军将士用鲜血与生命在中国共产党的辉煌历史上写下的悲壮而浓重的一笔，也从人们的心中如实地落到了白纸黑字上。2002年，中共中央党史研究室撰写的《中国共产党历史》第一卷上册出版了，关于西路军如此写道：“西路军所属各部队，是经过中国共产党长期教育并在艰巨斗争中锻炼起来的英雄部队。在极端艰难的情况下，在同国民党军队进行的殊死博斗中，西路军的广大干部、战士视死如归，创造了可歌可泣的不朽业绩，在战略上支援了河东红军主力的斗争。西路军干部、战士所表现出的坚持革命、不畏艰险的英雄主义气概，为党为人民的英勇献身精神，是永远值得人们尊敬和纪念的。”
陈云说：“你们是革命的种子，将来可以发展到几千人，几万、几十万人，去夺取革命的胜利”
1936年10月，中共驻共产国际代表团决定组织一个既代表共产国际又代表中共中央的代表团，回国迎接执行宁夏战役计划、担负打通国际交通线的红军西路军部队，正在莫斯科向共产国际汇报的陈云被任命为代表团团长。
12月8日，陈云和滕代远率代表团乘火车离开莫斯科前往阿拉木图。中旬，代表团抵达靠近新疆的霍尔果斯，看到了苏联当局准备供给西路军的坦克、大炮和其他武器弹药。几天后，西安事变爆发，由于苏共中央认为事变有日本方面的背景，故改变原来的允诺。中共驻共产国际代表团电示陈云停在边境，等候指示。
就在这期间，1937年l月中旬，西路军在高台与马家军激战失利，红五军军长董振堂以下3000人牺牲。此后，西路军虽英勇斗争，但终因寡不敌众，于3月中旬失败，余部退入祁连山腹地。西路军为保存力量，余部分3个游击支队突围，2个支队大部损失，李先念所率左支队历尽艰险，终于走出祁连山，于4月底转战到哈密境内的星星峡。
4月18日，中共驻共产国际代表团电示陈云：急速前进，赶上正往星星峡转移的西路军余部，以便接他们到苏联学习。已经遇阻四五个月的陈云立刻率中共代表团乘汽车离开霍尔果斯，于23日抵达新疆首府迪化(今乌鲁木齐)。
陈云一到迪化，便急切地展开了接援西路军的活动。首先他以中共代表身份，通过苏联的关系，与盛世才前后谈判3次达成协议。盛世才同意西路军左支队进驻迪化。这样，陈云率领盛世才提供的汽车、给养和盛世才的军事人员于5月1日赶到星星峡，与李先念率领的西路军左支队余部会合，这才知道西路军只剩400余人，部队疲惫不堪。当务之急就是安抚人心、鼓舞士气。在星星峡附近的山窝里，陈云首先代表党中央向历经千难万险、九死一生到达新疆的同志们表示亲切的慰问。他接着说：在革命斗争中，有胜利也有失败，你们虽然只剩下几百人，但你们是革命的种子，将来可以发展到几千人，几万、几十万人，去夺取革命的胜利。你们都是经过千难万险锻炼出来的革命的宝贵财富，是多少黄金也买不到的!还说，党中央对西路军的斗争始终很关心，想了很多办法来援救陷入困境的同志们。他要求大家把自己制作、使用的武器以及衣服、鞋袜等物品，一件不丢地保存起来，送到莫斯科共产国际去，让全世界的无产阶级看看中国工农红军是在什么样的艰苦条件下进行争取解放的斗争的。陈云的讲话，使历尽磨难的全体指战员受到巨大鼓舞。
5月4日，在陈云、滕代远、李先念、李卓然等率领下，西路军左支队400余人分乘几十辆汽车，向迪化进发。途经苦水时，陈云在一个沙窝再次向部队讲话，鼓励大家不要为暂时的失败灰心丧气，要看到未来的胜利前景；并提出严守秘密、遵守纪律、尊重当地民族风俗习惯、执行与盛世才的统一战线政策等要求。路上，陪同陈云等前往星星峡的盛世才的苏联顾问要求西路军放下武器，以免出事。陈云坚决不同意，说部队去迪化是接受训练，这是盛世才同意的，我们不干涉其他事务，不能放下枪！部队到这里不容易，放下枪岂不成了投降？经过反复交涉，那位苏联顾问终于同意部队携枪进入迪化。5月7日，陈云等率领西路军左支队抵达迪化，进驻西公园旁尚未启用的阜民纺纱厂职工宿舍。到后，按照事先与盛世才的商定，西路军入疆部队对外称新疆督办公署新兵营。
陈云说：“难道把我们可贵的干部可贵的无线电专家、医务专家也当兵士一样去打仗吗？”“我一个干部也不放手”
西路军出征时有2万余名将士，而陈云接到的只剩417人，其中军师级干部14人，团营连级干部70余人，无线电报务人员26人，医务人员23人，党团员占62％。在陈云看来，这些人是浪淘火炼出来的真金，是党和军队的宝贵财富，必须将他们保护好。
到迪化后，陈云领导西路军入疆部队进行休整。除安排伤病员治疗和部队每天上午进行两小时出操、晚饭后进行文娱体育活动外，着重抓了三方面工作：（一）稳定部队情绪。陈云同滕代远每星期给连以上干部作二三次报告，讲党的抗日民族统一战线的新政策、共产国际七大的精神和国际形势；利用晚上时间先后同30多名团以上干部个别谈话，强调要讲团结，先不急于究及西路军失败原因，相信党中央会在适当时机正确处理这一问题。（二）促进部队干部战士恢复身体健康。陈云除争取到新疆督办公署按每人每天50两新疆币（当时新疆币每10两相当于内地1个铜钱）给菜金、每人每月5000两新疆币给零用钱，每人发两套换洗衣服，新疆军队另赠送每人每天五六两羊肉外，还同滕代远决定由自己出钱，再给每人每天加菜金50两新疆币，以保证每餐有豆腐；给每人零用钱1万两新疆币，让大家买袜子、牙粉、肥皂。（三）组织部队学习文化。按照原有文化程度，将战士分为甲乙丙三班，分别学习初中、小学课程和进行扫盲；高中级干部则学习三角、几何、代数，以及俄文、英文，为赴苏学习作准备。教材靠从书店中买和自己编；教员则以“能者为师”的原则，由文化程度高的人担任。
6月19日，陈云致信王明并转驻共产国际中共代表团，报告在与西路军干部谈话中所了解到的西路军的一般情况、作战经过和失利原因，以及西路军余部退入祁连山后直至抵达星星峡和到迪化生活、学习的情况。陈云在信中说：到新疆的400多人经过一个多月的休息，都长得胖胖的，你们随便派哪一个来看了都会觉得他们是可爱的革命子弟。“如果现在把我们的人与本地的军队一比较，那就立刻可以看出我们的比本地的要年轻、精干、清洁、聪敏。”信中对代表团一再推迟西路军余部赴苏学习而又不肯说明原因，提出了尖锐的意见，指出：这400多人大部分是干部和技术人才，如果真要他们去打仗，战斗力不一定好；而且“难道把我们可贵的干部可贵的无线电专家、医务专家也当兵士一样去打仗吗？这不是可惜吗？这也不合国际和我们党的干部政策。”另外，其中许多干部多次负伤，身体很弱，如果有可能给他们相当的休养，对于中国革命不知要做多少工作。信中还严肃地质问“为什么不允许把必须医病和休养的干部先送苏联？为什么不允许工作委员会的领导人到国际来报告西路军的情况？我认为这件事你们必须明确答复我。……你以不理或者不着边际的‘考虑’两字来答复我，我很不满意，这个态度不能共事！是则是！非则非！应该明白答复。”信中提出，如果要西路军余部留在新疆学习军事技术，希望解决教官和学习用的汽车、铁甲车、机关枪、飞机等来源问题；再批准用8000美元购买夏天用的汗衫、短裤、毯子、被单等物品。信中还表示坚决反对共产国际派人从这400多人中随意选调和分配干部，说“我一个干部也不放手”。这些掷地有声的言辞，不仅充分表现了陈云对党和革命事业的高度责任感，对西路军将士的深厚战友情，也反映出他对西路军指战员的命运和前途的关心忧虑。
周恩来说：“陈云同志做了件好事，将来建设我们自己的空军，有骨干、有种子了”
7月15日，季米特洛夫电告陈云等：共产国际已决定西路军余部不去苏联，留在迪化组织学习。陈云意识到原先共产国际接西路军余部到苏联学习的计划和他为此所作的努力已无法实现。他决心因地制宜，就地取材，不仅要把西路军的这批精华保护好，更要把他们培养好。
当天，陈云同滕代远致信在共产国际的王明等，提出了西路军余部今后在迪化学习的计划：（一）学习军事，包括军事战术和装甲车、火炮、坦克、飞机的操作；（二）学习政治，包括中国革命的基本问题、列宁主义问题、党的历史，以及西方史和政治经济学；（三）学习语文和英文。
为了周密地实施培训计划，陈云在组织体制和学习步骤等方面采取了一系列具体措施。一是他同滕代远、李先念、李卓然研究，决定对西路军左支队入疆部队进行整编，保留西路军工委；将左支队改编为总队（后称总支队），队部设政治处、总务科，下辖4个大队，每大队编3个排，每排3个班，每班10人左右；另编一个干部队，直属工委领导。二是因原驻地阜民纱厂太小，陈云商请在迪化市东门外盛世才部队营房旁，腾出一套独立的四五间相邻的院落作为新兵营的驻地。三是希望“用苏联援助盛世才军队的现代化武器装备，训练‘新兵营’，培养各兵种的军事人才。”经交涉，苏联总顾问和盛世才“欣然同意”。四是学习培训大体可分为两个阶段。第一阶段任务是整编队伍，组织政治和文化知识学习。第二阶段，任务是分班学习现代化军事科学技术，为人民军队培养未来各兵种的干部。
在此期间，陈云给西路军入疆部队的高级干部和总支队干部队上党课，内容包括讲解《联共(布)党史》、列宁的《共产主义运动中的“左”派幼稚病》、斯大林的《论列宁主义的几个问题》和中国共产党的抗日民族统一战线的政策等。7月下旬，西路军左支队抽出20余人成立无线电训练班。10月23日，陈云、滕代远致电毛泽东、张闻天，汇报西路军入疆部队的学习情况，还建议中共中央“利用新疆在3年内培养5000军事的新干部”。25日，毛泽东、张闻天复电陈云、滕代远，表示同意将西路军人员分配到迪化各学校去学习新技术，并指示他们立即设法建立从新疆到兰州的航空交通，说此问题解决后，派送干部学习等事均可不成问题。
10月底，西路军总支队开始转入机械化武器装备的正规学习，其中以一、二大队为基础学习汽车驾驶与修理，以三大队为基础学习装甲车、坦克的驾驶与修理，以四大队为基础学习火炮的操纵。陈云在学习开始时传达了中共中央“严守纪律、安心学习”的指示，并作了“向机械化进军”的动员，指出：我们要战胜日本侵略者，不能光靠步枪、刺刀，还需要有飞机、大炮、汽车、装甲车。现在没有，将来总会有的，等有了再学就晚了。因此，从现在起就要着手培养会驾驶飞机、汽车、装甲车的人才，这是一项有战略意义的任务。
11月上中旬，陈云经与盛世才协商，决定再从西路军入疆部队中选调11人到新疆军医学校和兽医学校学习，学制2年。在这前后，陈云还与盛世才反复谈判后达成协议，由新疆航空队为八路军培训50名空地勤人员。鉴于这是中国共产党培养的第一批空军干部，为照顾原红一、二、四三个方面军中都能有人参加，决定先从西路军总支队中选出30名，再从延安选出20名。1937年11月，陈云奉中央电令回延安负责中央组织部工作之后，他还亲自到抗日军政大学和摩托学校中物色考查赴新疆航空队学习的人选，最后确定18人去新疆。这批干部于1938年2月抵达迪化，与西路军总支队挑选出的25人先后进入新疆航空队，合编为飞行班和机械班。机械班于1939年冬毕业，飞行班于1942年4月毕业。他们是中国共产党领导的武装力量中第一批空军飞行员和机械师。
1939年9月，周恩来赴苏联治疗受伤的胳膊，途经迪化时，曾专门听取吕黎平等2位航空班学员的汇报。当他听说学员学习积极性很高，成绩不错时，高兴地说：“陈云同志做了件好事，将来建设我们自己的空军，有骨干、有种子了。”
陈云：“西路军问题是一件和自己有关的事，我今年77岁了，要把这件事搞清楚”
但是，历史并不是时时公正的。
就在西路军余部奋战之时，1937年3月，在延安开展的深入揭发和批判张国焘分裂党和红军严重错误的斗争中，西路军西渡黄河被说成是张国焘背着党中央私自命令所采取的军事行动，所执行的是张国焘的逃跑主义路线，西路军的失败，被认为是张国焘路线的最后破产。从此，西路军问题成了人们不敢逾越的雷池与禁区，西路军的将士受到了不公正的对待。
20世纪80年代初，军史研究者朱玉在帮助徐向前元帅整理回忆录时，从文献史料中发现了西路军的历史真相，撰写了《“西路军”疑》一文，于1980年12月2日报送到邓小平那里。邓小平极为重视，很快就批给李先念研究。
1981年11月22日，陈云同李先念谈起西路军问题，指出：“这个问题不能回避。西路军过河是党中央为执行宁夏战役计划而决定的，不能说是张国焘分裂路线的产物。”
3个月后，在陈云住所内召开中共中央政治局常委会议。会后，陈云再次同李先念谈论西路军问题。陈云说：“西路军是当年根据中央打通国际路线的决定而组织的。我在苏联时，曾负责同他们联系援助西路军武器弹药的事，而且在靠近新疆的边境上亲眼看到过这些装备。”停了停，他动情地说道：“西路军问题是一件和自己有关的事，我今年77岁了，要把这件事搞清楚。”并建议李先念准备一份有关西路军问题的材料。
作为西路军的亲历者，当年西路军军政委员会成员、三十军政治委员，西路军最后分散游击时负责军事指挥的李先念，对西路军被诬为“张国焘路线”始终不解。他和陈云一样，要对西路军的荣辱负责。
李先念根据邓小平的批示和陈云的建议，组织干部查阅大量历史档案，于1983年写出《关于西路军历史上几个问题的说明》，指出：“西路军执行的任务是中央决定的。西路军自始至终都在中央军委领导之下，重要军事行动也是中央军委指示或经中央军委同意的。因此，西路军的问题同张国焘1935年9月擅自命令四方面军南下的问题性质不同。西路军根据中央指示在河西走廊创建根据地和打通苏联，不能说是执行张国焘路线。”
1983年1月5日，陈云看过《说明》及所附几十件电报后，委托秘书电话转告李先念办公室说，可送小平同志。陈云再次指出：“西路军打通国际路线，是党中央、毛主席过草地以前就决定的。当时共产国际也愿意援助，200门炮都准备好了，我亲眼看见的。西路军的行动不是执行张国焘的路线，张国焘路线是另立中央。”
3月8日，陈云又就西路军问题致信李先念，说：“你写的关于西路军历史上几个问题的说明和所有附件，我都看了两遍。这些附件都是党内历史电报，我赞成把此件存中央党史研究室和党的中央档案馆。可先请小平同志阅后再交中央常委一阅。”3月22日，邓小平在李先念写的说明和附件上批示：“赞成这个说明，同意全部存档。”陈云的建议，李先念的说明，邓小平的批示，在根本性质上正确地解决了西路军的历史遗案，对西路军历史问题的澄清起了决定性的推动作用。
在邓小平、陈云等老一辈革命家的关怀下，西路军问题基本上得到解决，西路军将士用鲜血与生命在中国共产党的辉煌历史上写下的悲壮而浓重的一笔，也从人们的心中如实地落到了白纸黑字上。2002年，中共中央党史研究室撰写的《中国共产党历史》第一卷上册出版了，关于西路军如此写道：“西路军所属各部队，是经过中国共产党长期教育并在艰巨斗争中锻炼起来的英雄部队。在极端艰难的情况下，在同国民党军队进行的殊死博斗中，西路军的广大干部、战士视死如归，创造了可歌可泣的不朽业绩，在战略上支援了河东红军主力的斗争。西路军干部、战士所表现出的坚持革命、不畏艰险的英雄主义气概，为党为人民的英勇献身精神，是永远值得人们尊敬和纪念的。”