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建立了一种适合研究大豆内生细菌种群结构的PCR—DGGE分析方法，筛选适合分析大豆内生细菌的引物，采用巢氏PCR方法获得内生细菌16SrDNA的V6、V7、V8三个高变区，通过优化DGGE技术的变性梯度范围、电泳时间和上样量的大小来获得最佳的DGGE条带图谱。经过优化确定了适合大豆内生细菌研究的引物为968F-1378R，变性剂梯度为40％～60％，且在电压180V时电泳时间6h最为合适，上样量为15μL时可获得高分别率的DGGE条带。