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利用经济学的效用理论,对我国高校科研活动中的基础研究、应用研究和试验发展的合理支出比例进行了分析,得出了我国基于效用最大化的最优高校科研经费支出比例,并与目前我国高校科研活动中三者的实际比例做比较,进而发现我国高校科技活动经费支出结构不合理以及高校科技投入的短视性行为。最后结合国家科技创新战略,对优化高校科研经费支出结构提出建议。