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为分析河南地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的变异情况,本研究设计合成扩增S基因全长的引物,利用RT-PCR方法,对2014—2015年采集病料中38株PEDVS基因进行扩增、克隆和序列测定,并根据结果构建进化树和进行序列比对分析。S基因进化树分析表明:所有PEDVS基因扩增片段与近年来中国和美国分离的变异毒株亲缘关系较近。序列比对分析表明:扩增的PEDVS基因编码的S蛋白中存在氨基酸的插入和缺失。并且,一些扩增S基因片段在编码的S蛋白的C端有11个氨基酸的缺失。许多扩增的S基因在编码的S蛋白的中和表位COE和2C10区域存在氨基酸突变。这些结果为了解河南地区PEDV变异流行情况和控制PED的暴发提供了基础研究理论。