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2001年12月卫生防疫机构改革，玄武区疾病预防控制中心正式挂牌成立。中心承担着全区急慢性传染病、慢性非传染性疾病、地方病、职业病、寄生虫病以及计划免疫、预防接种的监测，管理与指导，疫点消毒，控制及评价，生活饮用水、食品、公共场所、劳动卫生、放射卫生、学校卫生等卫生学监测检测，以及企业和医疗卫生单位健康教育等工作。