关于中国农村留守儿童的大量研究表明学习成绩最差的不是父母均外出的留守儿童，而是父亲在家、母亲外出（以下简称仅母外出）的留守儿童。主导观念认为这是“养不教，父之过”的反映，但基于后天形塑论的理论视角不能在实证层面完整解释此现象。基于经验观察，结合基因社会学的理论逻辑，认为这一现象应是此类留守儿童在健康状况、认知能力、非认知能力三类个体特质上的先天性不足导致的。本文通过逐步线性回归分析中国教育追踪调查（CEPS）基线数据检验三类特质对学习成绩是否有独立影响，进一步通过固定效应模型（FEM）分析CEPS两期追踪数据，尽可能消除在估计先天与后天影响时可能存在的内生性偏误，对理论判断进行交叉检验。实证结果表明：仅母外出类留守儿童不仅健康状况（患先天性特征更强的慢性疾病数）最差，且认知能力水平、非认知能力水平（尽责性）最低，共同导致其成绩最差；认知能力与父母的教养和教育参与无显著关联，非认知能力少部分受到父母教养和教育参与的影响，认知能力对学习成绩的影响远大于非认知能力，此类留守儿童成绩最差的主因并非“养不教、父之过”，而应是先天遗传性的不足。由于父母后天努力对此作用有限，这类儿童的境况亟待社会各界的重点关注和特别帮扶。