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生物多样性是人类赖以生存和发展的基础。保护生物多样性是长期巩固小流域治理成果，进一步开发利用水土和生物资源的必要措施之一，综合治理开发小流域应进行生物多样性评价，明确生物多样性保护目标，建立多功能，多种群，多层次的生物体系，保护生态环境的完整性，保护濒危种类禁止捕猎，从而保护好小流域的生物多样性。