以海陵岛近岸优势物种舟山缰虾虎鱼(Amoya chusanensis)、纵带鹦虾虎鱼(Exyrias puntang)为研究对象,获取2种虾虎鱼的线粒体COⅠ基因序列45条,控制区(D-loop)序列48条,分析其序列变异情况和遗传特征。结果表明:获得的638 bp COⅠ序列中,舟山缰虾虎鱼存在变异位点20个,纵带鹦虾虎鱼变异位点占18个。467 bp控制区中,舟山缰虾虎鱼变异位点10个,纵带鹦虾虎鱼占19个。碱基组成上,2种虾虎鱼COⅠ基因和控制区序列均存在A+T含量大于C+G含量现象,且COⅠ基因序列中碱基T偏向密码子第一位。最大似然法估算的COⅠ序列转换颠换R比值为2.89,控制区序列R值为2.66。聚类分析揭示舟山缰虾虎鱼在进化上较原始,更接近祖先物种,而纵带鹦虾虎鱼种群分化较晚。单倍型分析指明2种虾虎鱼单倍型多样性均处在较高水平。中性检验的Fu-Li D分析发现,基于COⅠ基因和控制区序列的舟山缰虾虎鱼的检验结果均显著,不符合中性进化假设,纵带鹦虾虎鱼Fu-Li D test的结果均呈现不显著,符合中性进化假设。舟山缰虾虎鱼种群间可能存在群体扩张或持续增长现象。