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卧龙自然保护区有种子植物144科658属1648种及81变种，其中裸子植物8科17属33种。植物区系起源古老，孑遗植物、原始类群和中国特有类群丰富；单型或单种的科属众多，占总属数的58．97％；含20种以上的科和含10种以上的属分别占总科数和总属数的14．58％和4．25％，它们构成了卧龙种子植物区系的主体；该区植物区系具有热带起源，温带分布的双重特征。