利用传递不平衡分析在多群体中鉴别猪脐疝易感基因

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在本实验室前期利用白色杜洛克×二花脸F2资源家系开展脐疝易感位点全基因组扫描定位的基础上,文章在7号染色体上的SWR1928和10号染色体上的SW830易感标记区域,结合脐疝发病机制在多群体中进行脐疝位置功能候选基因的筛选和易感位点的精细定位。在两个显著关联的微卫星位点区域搜寻到12个位置功能候选基因,采用比较测序法,选取12个候选基因内共计40个SNP位点在白色杜洛克×二花脸资源家系F2/F3脐疝群体中进行基因分型,利用Plink v1.07软件对基因型数据进行质量控制和传递不平衡(Transmission dise-quilibrium test,TDT)分析。结果表明,IL16(Interleukin 16)基因中的g.708C>T位点和CDC73(Cell division cycle 73)基因中的 g.10664G>A 位点与脐疝的关联性达到显著水平(PA位点仍与猪脐疝呈显著关联(PG和 g.10811A>G在西方商业猪种中进行 TDT 验证分析,发现这两个 SNP 位点与商业猪种脐疝发生的关联性达到极显著水平(P
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