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介绍了目前已在侧耳属真菌中广泛使用的DNA分子标记技术(RFLP、RAPD、AFLP、ISSR、ITS、IGS标记)以及这些标记技术在侧耳属真菌系统发育和分类研究、菌种和菌株鉴定、遗传多样性和亲缘关系分析、遗传图谱构建和基因定位等方面的应用,展望了一些新分子标记技术在侧耳属真菌中的应用前景。