本研究对座囊菌纲部分类群的18S和28SnrDNA部分序列片段进行分析,探讨它们属间的系统学关系。邻接法和简约法分析结果显示,座囊菌纲供试类群为单起源,形成三个独立的分支并获得较强的支持率,分别代表座囊菌目、葡萄座腔菌目和格孢腔菌目。结果还显示,座囊菌纲中分类地位不确定的属Macrovalsaria与Botryosphaeria的关系相对接近,应该归于葡萄座腔菌目;历史上分类地位有疑问的Neopeckia和Dothidotthia两个属处于不同的目中,前者属于座囊菌目,后者为葡萄座腔菌目的成员;座囊菌目的Plowrightia属并非单系群,该属成员分别与Dothidea、Neopeckia和Sydowia三个属聚类在一起;现行的Botryosphaeria属也非单系群,其属的概念有待澄清。格孢腔菌目参试的7个属形成一个单系群,但属间的支持率非常低,表明它们应该在较高的分类等级上予以区分;序列分析的结果支持了基于形态学特征将Phragmogibbera纳入格孢腔菌目的分类观点。