新世纪以来，在我国乡村治理现代化进程中，农村经历过不同形式的合村并居，每个时期的合村并居都呈现出不同的历史发展特征。在推进乡村治理现代化进程中，新世纪的合村并居具有多元动力机制，包括城镇化建设和农业现代化建设的双重政策引导，城乡建设土地增减挂钩政策的直接刺激，地方财政紧缺下的“土地财政蛋糕”诱惑，以及资本下乡的助力。同时，在多重因素的共同推动下，新世纪的合村并居产生了诸多不良后果。在新世纪以来的乡村治理现代化进程中，合村并居的动力机制及其不良后果的背后蕴含着“冲突-协调”的内在逻辑，它体现为多元政策之间的冲突与协调、不同利益主体之间的冲突与协调、不同利益的冲突与协调，在推进乡村治理走向现代化的实践中，合村并居正是多元政策目标、多元利益主体、多元利益冲突与协调的现实产物。地方政府作为利益的综合体，在推进合村并居的过程中会在公共利益和地方私利之间摇摆不定，形成“利益钟摆”。整体来看，在乡村治理现代化进程中，合村并居是经济社会发展的阶段性产物，受多重因素的影响，但不是基层治理唯一的发展方向。在遵循乡村社会发展规律的基础上推动乡村现代化发展是乡村治理的基本发展逻辑，合村并居是把双刃剑，最大限度实现合村并居效率与公平的正向互动，回归人的现代化目的，是适合合村并居地区推进该项工程的内在价值追求。