“万村千乡市场工程”的实施，对构建农村现代流通网络，开拓农村市场，扩大和促进农村消费，促进社会主义新农村建设具有积极地意义。加强对“万村千乡市场工程”资金的审计监督，可以进一步促进完善“万村千乡市场工程”开展的规范化、有序化，充分发挥资金导向作用，确保项目工程建设的顺利开展。下文就如何审计“万村千乡市场工程”资金，以及该项目审计的主要内容谈些看法。
　　
　　1.搞好审前调查。对验收总结材料的收集和审计。“万村千乡市场工程”专项资金是对承办企业给予的财政补助资金，资金的下达主要依据的是县级商务主管部门及申报建设企业上报的“万村千乡市场工程”的各类材料。因此对此项目的审计首先就是要收集材料，对上报审批材料加以分析和对比，以确认项目的总体建设内容，达到对被审计对象的总体了解。于此同时还要注意加强对“万村千乡市场工程”的管理文件进行收集，熟悉管理规范和要求，为搞好此项审计做好基础性工作。
　　2.对财政部门拨付“万村千乡市场工程”资金的审计。此环节主要审计重点为：一是审计资金拨付程序是否符合财政资金管理要求；二是审计拨付的及时性，查看其是否存在无故延缓拨付，甚至是否在财政环节就挪作他用行为。
　　3.对承办企业“万村千乡市场工程”资金使用情况进行审计。(1)对配送中心资金投入审计。按规定，对承办企业建设每个配送中心补助不超过55万元，该资金主要用于强化商品采购、储存、加工、编配、调运、信息等功能。对此审计主要查看的内容有：一是看资金使用情况，是否专款专用；二是看实物建设情况，主要有：配送中心建筑面积是否不少于1000平方米、配送车辆是否不少于10辆；三是看管理资料，主要查看的内容有：①具有商品购进、库存、销售及门店管理的信息管理系统；②已与100家以上农家店建立了商品配送业务并签订了5年以上供货合同；③日用消费品配送中心品种不少于5000个，农资配送中心的农资品种不少于500个；(2)农家店资金投入审计，农家店分为两部分，一部分为销售日常用品农家店，另一部分为销售农资用品农家店。江西省商务厅对农家店补贴资金强调，大部分应用于店铺建设或改造，且不得低于4000元，其余部分应当用于提高对农家店的配送能力、对农家店主的培训等，稳步提高农家店统一配送率、覆盖率、统一结算率，不得挪作他用；(3)对农家店主培训资料审计。按规定培训应有承办企业进行，需有当地内贸主管部门现场监配。承办企业不组织培训的，应有内贸主管部门组织培训，培训费由承办企业承担。对此主要查看资料有：培训花名册、培训资料、培训场所租赁合同、培训老师开支等。
　　4.对“万村千乡工程”农家店建设情况进行实地调查。调查方式采用走访、问卷调查、座谈等多种形式进行。调查的主要内容为：一是工商营业执照登记日期；二是税务登记证日期；三是查看已建立的店铺统计信息数据列表；四是现场观察店铺营业面积40平方米以上，经营商品品种400种以上；五是检查配送率是否达到标准，农家店日用消费品统一配送率(按销售额计算)50％以上，农资农家店统一配送率达到75％以上；六是现场观察店堂环境是否卫生干净、装修是否简洁明亮、有无与经营商品相匹配的陈列货架或玻璃柜台、商品是否明码标价。