【摘 要】
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为了明确粳糯谷子waxy基因DNA全序列及其氨基酸序列多态性,以3份糯质和2份非糯谷子品种为材料,通过Primer Premier 5.0引物设计、PCR扩增、目的 片段纯化、阳性克隆和菌液PCR测序拼接,以Setaria italica v2.2 (Foxtail millet)基因为参考序列,分析参试材料间waxy基因全序列的多态性位点,利用在线SMART (http://smart.embl-heidelberg.de/)分析预测其waxy氨基酸序列及其二级结构域.结果 表明,(1)waxy基因全序
【机 构】
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内蒙古农业大学农学院,呼和浩特,010019;内蒙古农业大学生命科学学院,呼和浩特,010019
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为了明确粳糯谷子waxy基因DNA全序列及其氨基酸序列多态性,以3份糯质和2份非糯谷子品种为材料,通过Primer Premier 5.0引物设计、PCR扩增、目的 片段纯化、阳性克隆和菌液PCR测序拼接,以Setaria italica v2.2 (Foxtail millet)基因为参考序列,分析参试材料间waxy基因全序列的多态性位点,利用在线SMART (http://smart.embl-heidelberg.de/)分析预测其waxy氨基酸序列及其二级结构域.结果 表明,(1)waxy基因全序列总长度为4218 bp.5份供试材料与参考基因序列比对共检测到54个突变位点,其中转换、颠换(易位)、插入和缺失突变依次分别为24、19、5和6个.(2)\'公谷68\'、\'红粘谷\'、\'赤谷4号\'、\'赤谷9号\'和\'杏黄粘\'与参考基因序列比对分别含有36、8、5、5和0个差异位点,其中\'公谷68\'与参考基因组序列比对,存在Intron 6第2052 bp (T)和Intron 9第2883 bp (AGGTG)等5个插入,在Intron 12(3602 bp)缺失T,Intron 6(2109～2125 bp)缺失ACATTCTTTCAGACTGC等6个缺失位点,以及Intron 1 (396,787 bp) (C-A)等12个颠换,exon 1 (54,68 bp) (A-G)等12个转换.\'红粘谷\'Intron 6在2078 bp (T-A)等含有3个颠换,以及exon 1第54和68 bp、Intron1第201 bp (A-G)等5个转换.(3)粳糯谷waxy基因序列比对中,\'公谷68\'、\'杏黄粘\'和\'红粘谷\'与非糯\'赤谷4号\'分别含有31、5和3个多态性位点.(4)粳糯谷之间检测到70个氨基酸序列差异位点,其中\'公谷68\'与其余4份材料存在69个差异位点,\'杏黄粘\'第248个氨基酸为S(丝氨酸),其余4份材料均为N(天冬酰胺).\'公谷68\'检测到low complexity (51～67)、Pfam:Glyco_transf_5 (81～341)、Pfam:Glycos_transf_1 (385～524)、Pfam:Glyco_trans_1_4(396～533)和low complexity (580～604)等5个waxy氨基酸序列二级结构域,\'红粘谷\'、\'杏黄粘\'、\'赤谷4号\'和\'赤谷9号\'均含有上述前4个结构域,但与\'公谷68\'结构域的氨基酸位置不同,其差异氨基酸数目依次分别为0、1、0和12个.
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