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尽管使用非创伤性的方法评价肝功能异常已经取得了相当大的进展，但肝脏的组织病理学检查对于肝脏病人的诊断和治疗仍起着重要作用。在某些情况下(如肝脏移植后的排异反应)，肝脏的组织学表现依然被认为是诊断的“金标准”。另外，即使通过一些其他检测方法作出诊断时(如慢性病毒性肝炎)，肝脏形态学改变的评价仍可提供其他方法所不能提供的信息(肝疾病的组织学“分级”和“分期”，见下文)。