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分子标记技术已经被广泛地用于棉花的遗传育种研究中。本研究利用ＲＡＰＤ－ＰＣＲ技术，对我国现遥皖杂４０杂种棉组合的纯度测验进行了初步研究。研究结果表明，利用ＯＰＷ０９引物可以很容易地把皖杂４０Ｆ１杂 它们的样一加以区别；棉花杂种的纯度可以很快的加以鉴定；从而每年冬天去海南的异常地鉴定，节省时间和杂种种子的成本。