【摘 要】
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b ZIP转录因子是普遍存在于动、植物及微生物中的一类蛋白，广泛参与胁迫响应、生长发育调节及能量代谢等多种生理过程。首次通过CodonW和Emboss对萱草海水胁迫相关bZIP基因家族的密码子构成特性及密码子使用模式进行分析，预测HfbZIP基因可能使用的最优密码子，为发掘萱草bZIP基因家族成员的潜在功能提供理论基础。结果表明，HfbZIP基因家族密码子平均GC含量为48.52%,GC3值为48
【机 构】
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上海应用技术大学生态技术与工程学院
【基金项目】
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上海市农业农村委员会科技兴农项目（2019-02-08-00-08-F0110）； 上海应用技术大学引进人才项目（YJ2019-25）资助；
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b ZIP转录因子是普遍存在于动、植物及微生物中的一类蛋白，广泛参与胁迫响应、生长发育调节及能量代谢等多种生理过程。首次通过CodonW和Emboss对萱草海水胁迫相关bZIP基因家族的密码子构成特性及密码子使用模式进行分析，预测HfbZIP基因可能使用的最优密码子，为发掘萱草bZIP基因家族成员的潜在功能提供理论基础。结果表明，HfbZIP基因家族密码子平均GC含量为48.52%,GC3值为48.12%，略微偏向使用A/T结尾；ENC值所在范围为37.40～61.00，平均值为51.50,CAI值取值范围为0.14～0.21，均值为0.19，表明该家族密码子使用偏向性较弱且整体的表达水平不高；中性绘图分析，ENC-plot曲线分析及PR2-plot图表明HfbZIP家族基因密码子偏好性形成受碱基组成，突变与自然选择压力等多因素共同影响；根据RSCU分析筛选出7个最优密码子，可为萱草b ZIP功能基因研究和序列设计中密码子优化和宿主选择提供理论支持。
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