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两岸的大学都普遍享有相当程度的自主，然而大学自主的重要条件就是财务自主，财务自主则须以大学能否建立自我内部控制的机制为主要考虑，并在自我要求下逐步落实其财务控制与管理控制，走向一个独立的事业体经营。面临大学院校财务制度变革，又加上政府对大学预算资源补助逐年减少与大学行政法人化要求之际，大学之人事与会计势必面临更大的弹性自主，内部控制制度的建立亦是确保大学营运绩效的策略性的手段与目的。本文首先探讨国际相关内部控制制度组织，并分析其内部控制之具体目标与基本架构，进而探析大学自主运作下对内部控制应有的认识，并依