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克隆并测定了暗纹东方纯线粒体基因组（mtDNA）含完整的细胞色素氧化酶亚基Ⅲ（COⅢ）及其下游70bp的tRNA^cly序列。COⅢ基因编码框包含786个核苷酸，编码262个氨基酸的蛋白质。鱼类COⅢ的序列组成对A＋T核苷酸的偏倚程度比较低。通过暗纹东方奎屯与GenBank中8个目12种鱼类的COⅢ序列同源性比较，显示暗纹东方纯与这些鱼类的COⅢ基因具有较高的同源性。根据暗纹东方纯与纯目其他5种鱼的COⅢ基因序列所建立的进化树。与传统的分类地位相吻合。推定的tRNA的二级结构具有典型的三叶草型结构。根据C