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在浮游生态系统（pelagic ecosystem）中，原生动物是细菌和微型浮游植物（microphytoplankton）的主要捕食者，又是很多浮游动物（zooplankton）的重要的饵料来源。因此，原生动物被认为是食物网中从微型生物构成（microbial components）到较高营养级的一个能量传递的重要环节。