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肠道微生物平衡对于维持机体的生理平衡发挥重要作用，与宿主的营养代谢、免疫调节有着重要的关系。肠道健康直接反映机体的健康状态。外源物质可通过肠道菌群、肠壁通透性、粘膜免疫、肠道代谢物等影响机体健康。对转基因生物进行肠道健康的安全评价可以监测转基因生物通过肠道产生的非期望效应，为转基因生物的安全性提供有力保证。本研究汇总了近年来国内外对转基因生物在肠道微生物平衡方面的研究，完善了非期望效应的评价内容，在一定程度上也进一步完善了转基因生物安全评价体系。