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在中国科学技术信息研究所的2009年版《中国科技期刊引证报告(核心版)》中,2008年度《中国水稻科学》影响因子为1.280,被引频次为1606次,他引率0.910。影响因子和被引频次均居农艺学、园艺学类期刊第3位,总分居农艺学、园艺学类期刊第2位。在全部1868种期刊中影响因子列第59位,被引频次列第214位。根据综合评定结果,《中国水稻科学》被评为2008年百种中国杰出学术期刊。