猪圆环病毒2型（PCV2）可以进一步划分为几种基因型。按照被发现的时间早晚，PCV2不同的基因型依次用连续的小写字母来标识（a、b、c、d和e）。在很长一段时间内，PCV2a是全球范围内的主导基因型，主要的商用疫苗也都是根据它来开发的。2000～2005年之间，发生了一个基因型转变，现在PCV2b成为了最容易在猪场中分离到的基因型。2012年，PCV2d中出现一种PCV2变体或者说是突变体（mPCV2），这个新的变体经常与美国爆发的PCV2相关疾病关联在一起。这种新变种的PCV2与传统的PCV2a和PCV2b的标志性不同是这种新变种的PCV2的ORF2多编码一个氨基酸。出了数目差异，氨基酸的组成差异也非常大。尽管mPCV2最近（2012）才在北美鉴定出来，但是相似的毒株已经在亚洲和欧洲存在了很多年，说明这种新的基因型并不新。值得注意的是，在一些地区的常规序列检测发现，mPCV2近年来有越来越流行的趋势，说明mPCV2可能具有更强的选择优势。很多实验证明PCV2a和PCV2b之间有很强的交叉保护性，而且这一点也得到现场使用效果的支持，现在的商用疫苗可以很好的控制PCV相关疾病。mPCV2出现之后，越来越多的生产者和兽医报告，在使用了现有的PCV2商用疫苗后猪群仍爆发PCV2相关疾病，他们感觉可能是出现了免疫失败。很多人忧虑，是不是现有基于PCV2a开发的疫苗对于mPCV2没有交叉保护性？为了解决这个忧虑，研究人员评估了商用PCV2a为基础的疫苗和一种实验性的mPCV2为基础的疫苗抵抗mPCV2攻毒的效果。研究特别使用了剖宫产并且剥夺初乳的仔猪，在两周的时间间隔之内免疫两次，并且在加强接种后的两周之后使用含有mPCV2和PRRSv的组织匀浆进行攻毒。另外一组不进行免疫，作为阳性对照。免疫猪和非免疫猪混合在同一个栏中饲养。攻毒后，在免疫了商用疫苗的猪中分离到低水平的mPCV2病毒；在免疫了实验性mPCV2疫苗的猪中没有检测到mPCV2病毒。但在没有经过免疫的猪中，所有的猪的血液中都检测到高水平的PCV2病毒，并且随后表现PCV2相关的疾病症状。本研究以及之后在传统猪中进行的实验的结果相似，确定证明现在的商用疫苗可以有效地保护猪免受mPCV2的危害，说明我们现在的手段可以有效地控制PCV2相关疾病。