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世纪之交，经过高校管理体制的调整，我国形成了中央和省两级政府管理、以省级政府管理为主的新体制。除关系国家发展全局的高校以及行业特殊性强的高校继续由国务院委托教育部和其他少数部门管理外，多数高校由地方管理或以地方管理为主。教育部直接管理高等院校，既是“国立大学”历史沿革的产物，又是重点办好一批高水平大学，使其在全国高等教育体系和事业发展中起到骨干和示范作用，并直接服务于国家利益和发展全局的需要。新中国成立至今，教育部直属高校从15所开始逐渐演变为75所，其发展历史呈现出总体特征和阶段性特征。