运用氰离子选择电极和高效液相色谱分析了3种处理方法后8个无性系银杏种仁中氢氰酸和4-甲氧基吡哆醇(MPN)及其组分的质量分数差异,以筛选出降低银杏种仁中氢氰酸和MPN质量分数的最佳处理方法及MPN质量分数较低的无性系。3种处理方法为:微波加热、豆油翻炒和沸水煮。根据试验结果可知,3种处理方法间有显著差异,银杏种仁中氢氰酸的质量分数从低到高为:沸水煮、豆油翻炒和微波加热;MPN的质量分数从低到高为:沸水煮、微波加热和豆油翻炒。不同无性系的银杏种仁不同处理后,氢氰酸质量分数有显著性差异,质量分数从低到高为:新村18号、长兴1号、正安3号、桂林6号、叶籽银杏、正安1号、长兴4号、藤久郎;MPN质量分数也有显著性差异,质量分数从低到高为:新村18号、桂林6号、正安1号、正安3号、藤久郎、长兴4号、长兴1号、叶籽银杏。在银杏优良种质资源的选择时可将其作为参考之一。