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重大基础研究项目发现作为科研项目全生命周期管理的起点,对实现重大原始创新有着重要影响。在分析重大基础研究项目内涵及现状基础上,借鉴知识发现过程及知识发掘特点构建了自下而上的重大基础研究项目发现过程及机制,分析了重大基础研究项目发现所涉及的政府主管部门、高校科研管理部门以及科研人员间的相互关系,重点提出了高校科研管理部门在重大基础研究项目发现过程中的对策。