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目的：了解基层医疗卫生机构补偿机制实施现状,分析存在的问题。方法：在北京市分层抽取4个区县,对344名社区卫生服务人员进行问卷调查,对48名利益相关者进行访谈。结果：基层医疗卫生机构在收支两条线、基本药物制度、绩效考核制度、医保政策实施中均存在相应的补偿问题。结论：补偿机制问题影响到基层医疗卫生机构服务功能的实现,探索合理的补偿机制已成当务之急。