区别一：概念定义
　　保健品是保健食品的通俗说法，我国《保健食品注册管理办法》中保健食品定义为“是指具有特定保健功能的食品，即适宜于特定人群食用，具有调节机体功能，不以治疗疾病为目的食品”。
　　《中华人民共和国药品管理法》药品定义为“用于预防、治疗、诊断人的疾病，有目的地调节人的生理机能并规定有适应症或者功能主治、用法和用量的物质，包括中药材、中药饮片、中成药、化学原料药及其制剂、抗生素、生化药品、放射性药品、血清、疫苗、血液制品和诊断药品等”。
　　区别二：产品标志
　　我国保健食品專用标志，为天蓝色，呈帽形，俗称“蓝帽子”，也叫“小蓝帽”，标志下方为批准文号和批准部门。其中2003年以前通过审批的批号是“卫食健字”，2003年以后通过审批的批号是“国食健字”。卫食健字： “卫”代表中华人民共和国卫生部; “食”代表食品， “健”代表保健食品。国食健字G （J）： “国”代表国家食品药品监督管理局，“CJ”代表国产，“J”代表进口。
　　药品外包装上需注明药品批准文号，其格式为“国药准字+1位字母+8位数字”，其中1位字母常见有H、Z、s、J等，代表的意义依次为：化学药品、中药品、生物制剂、进口分包装药品。非处方药又分为甲类非处方药和乙类非处方药，分别标有红色和绿色OTC标记，区别在于乙类非处方药安全性更高。
　　区别三：使用期限与方法不同
　　保健食品以调节机体功能为目的，说明书上有服用剂量的要求，而无服用期限要求，保健食品通常仅限于口服，剂型相对较少;药品除了口服外，相当数量的药品可供静脉、肌肉、皮下注射，外用涂抹、雾化吸入、皮肤粘贴等，可供选择的剂型较多。