论文部分内容阅读
目的
分析云南省新发现的1个HIV-1独特型重组毒株的基因结构和重组特点。
方法在云南省2016年HIV基因型耐药检测样本中，发现1例患者体内HIV-1毒株pol区存在重组片段，运用RT-PCR的方法分两段扩增病毒近全长基因组并测定序列。使用RIP、jpHMM和SimPlot3.5软件进行重组分析，同时采用MEGA6.06软件共同构建Neighbor-joining系统进化树对该毒株的同源关系进行分析。
结果共获得长度为8 590 bp的HIV-1近全长基因序列，断点分析表明该序列由CRF01_AE、B和C亚型片段组成，其中CRF01_AE作为骨架，插入B和C亚型片段，对应HIV-1 HXB2的位置分别是791～1 171为CRF01_AE，1 172～2 652为C，2 653～2 977为B，2 978～9 380为CRF01_AE。
结论云南省近年来发现了部分由CRF01_AE、B和C亚型交叉重组形成的新型毒株，而本研究发现的这个毒株重组模式复杂，提示我们应密切监测流行趋势变化，这对于了解当前HIV-1流行情况和变化趋势具有重要意义。