目的:利用ITS2序列对豆蔻类中药材进行DNA条形码鉴定研究。方法:本文采集了包括豆蔻两个基原白豆蔻Amomum kravanh与爪哇白豆蔻Amomum compactum、红豆蔻Alpinia galanga、草豆蔻Alpinia katsumadai等在内的70份样品,采用试剂盒法提取基因组DNA,应用Primer premier 5.0设计引物,通过聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)扩增其ITS2序列,并对PCR产物进行双向测序,所得序列经Codon Code Aligner V3.71拼接后,采用MEGA5.0软件进行序列比对,计算种内和种间距离,构建邻接树(Neighbor-joining tree,NJ Tree)。ITS2序列采用基于隐马尔可夫模型(Hidden Markov model,HMM)的注释方法获得。结果:通过新设计引物扩增的序列可以注释到5.8 S与28 S,扩增序列位于ITS2间隔区。采用新设计的引物,所有实验样品均可获得ITS2序列,NJ树结果显示不同种豆蔻类药材分别聚为一支,可以互相区分,且可以与其混伪品相互区分。另外,通过序列比对发现有5个SNP(s)存在于豆蔻与其它物种种间,且有2个稳定的SNP(s)存在于白豆蔻和爪哇白豆蔻种间,可用于二者的准确鉴定。结论:ITS2序列作为DNA条形码可准确稳定地鉴别不同种豆蔻类药材,本研究将为保障临床安全用药提供新的技术手段。