独立性不强，是诸多学者在讨论当下中国智库存在问题时形成的一个共识。解决这个問题，首先应正确认识和把握智库独立性的基本内涵和实践要求。应该看到，由于受西方智库理念的影响，在关于智库独立性的理解上存在一些片面性的认识。驱除笼罩在智库独立性之上的意识形态迷雾，对于确保中国特色新型智库建设的正确方向意义重大。
　　关于智库的独立性，可以从资金来源、组织属性、选题设置、研究过程和思想观点等多个方面理解。但从根本上说，智库的独立性只是一个相对性的概念。一方面，智库的存在和发展，一般会受到其所处国家制度、体制、历史和文化背景的影响，离不开其所处国家内政外交的政治需要。另一方面，智库的存在和发展，总是与利益的维护和实现有着深刻的联系。和人文社会科学属性一致的是，智库虽然具有服务于公共政策、实现公共利益、承担社会责任的一般性功能，但就实质而言，其思想表达不可避免地蕴含特殊的价值判断和利益诉求。这一点不仅表现在智库生产思想产品的实践中，也表现在智库评价的实践中。任何关于智库独立性的理解都必须建立在这个基础之上。
　　西方智库之所以大张旗鼓地宣扬和强调自身的独立性，其实是通过标榜客观和自主性立场，提升其主张的普遍性和公信力，从而掩盖服务于资产阶级的特殊立场。归根结底，无论是资金的来源，还是对政府决策的影响，西方智库都没有也不可能脱离资本的逻辑，都非完全意义上的公共与大众。由此，西方宣扬的智库独立性就具有了鲜明的意识形态特征。这就要求，对智库的独立性不能做片面化和绝对性的理解，倘若认为世界上存在所谓绝对独立的智库，始终坚持价值中立的立场，那就未免过于天真了。
　　我国正在大力推进中国特色新型智库建设，与此同时，一些人却把西方的一些智库及其所谓的独立性奉为圭臬。有学者指出，应该更加注重培育民间的研究机构。很显然，为健康推进中国特色新型智库建设，澄清智库独立性认识上的误区就显得尤为重要而紧迫。
　　在明确中国智库人民性和党性的根本属性，始终不渝地坚持和遵循以人民为中心的根本立场和党管智库的根本原则的同时，必须看到，思考的独立性不足确实是当下中国智库的突出问题。主要表现在：第一，问题意识薄弱，独立提出问题的能力不强。在大量社会科学研究成果中，阐释的多，创新的少。第二，创新意识不足，独立思考和解决问题的能力不强。贩卖和仿制西方思想话语多，中国理论和话语自主创新少。第三，支撑多样性观点的保障体制机制薄弱。学术争鸣和观点碰撞不足，一些低水平成果得以大行其道。