【摘 要】
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目的:运用ESTIMATE肿瘤微环境评分算法,从来自TCGA数据库的胆管癌数据中筛选与肿瘤微环境相关的基因,并利用生物信息学方法分析所得基因在胆管癌中的预后意义.方法:从TCGA数据库中获得45个胆管癌基因表达数据,利用ESTIMATE肿瘤微环境评分算法对其进行评分后,分为高分/低分组,分别筛选差异表达基因后,取交集获取共表达基因.利用DAVID在线分析工具根据对共表达基因进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析.利用来自TCGA数据库中的胆管癌生存数据对共表达基因进行Kaplan-Meier生存分析,
【机 构】
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内蒙古医科大学附属医院外科实验室,内蒙古 呼和浩特 010010
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目的:运用ESTIMATE肿瘤微环境评分算法,从来自TCGA数据库的胆管癌数据中筛选与肿瘤微环境相关的基因,并利用生物信息学方法分析所得基因在胆管癌中的预后意义.方法:从TCGA数据库中获得45个胆管癌基因表达数据,利用ESTIMATE肿瘤微环境评分算法对其进行评分后,分为高分/低分组,分别筛选差异表达基因后,取交集获取共表达基因.利用DAVID在线分析工具根据对共表达基因进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析.利用来自TCGA数据库中的胆管癌生存数据对共表达基因进行Kaplan-Meier生存分析,筛选后获得预后基因.结合STRING网站中对差异表达基因构建的蛋白互作网络(protein-protein interaction,PPI),得到网络枢纽基因后使用其他生物学分析工具验证.结果:在45例胆管癌样本中分析筛选出11个与肿瘤微环境相关的预后基因,这些基因表达的上调对胆管癌的不良预后具有显著意义(P＜0.05).通过蛋白互作网络分析和其他生物学工具分析获得VAV1基因,该基因在免疫调控、细胞凋亡、RET信号通路调控等方面有重要作用.结论:从本研究中筛选出的VAV1基因可作为胆管癌的分子标志物,为胆管癌的诊断、免疫治疗靶点及预后提供参考.
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