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阳离子-π相互作用是一种在阳离子和芳香性体系之间形成的一种作用力。在蛋白质中,带正电荷的氨基酸（Lys、Arg）和芳香族氨基酸（Phe、Tyr、Trp）之间可以形成阳离子-π相互作用。对α/β类蛋白中两种典型折叠类型――单绕和双绕的研究表明：（1）单绕结构中阳离子-π相互作用的分布密度是双绕结构的2.3倍。（2）Arg-Phe组合偏好在双绕中出现,Arg-Tyr组合偏好在单绕中出现。（3）在单绕中除Lys-Phe组合外,其余5种组合的阳离子-π相互作用能量高于双绕的对应组合,其中以Arg-Trp组合的能量