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习惯国际法在WTO中一般都能得到适用。但2006年WTO专家组在欧盟转基因产品案中的决定破坏了WTO和习惯国际法的和谐。本文认为,当与WTO协议不相冲突时,如果大部分WTO的成员方都是某条约的缔约国,并且所有的争端当事国都是该条约的缔约国,或者某一争端当事方不是缔约国但是明确表示接受条约中规定的约束时,条约的规定可以作为习惯国际法规则在WTO中得到适用。