【目的】探索新疆阿魏植物内生真菌的分离方法,了解其状况,为进一步深入研究其作用机理及应用价值提供基础。【方法】采用微生物学研究方法与技术,对新疆阿魏不同年份、不同部位的内生真菌进行了分离鉴定。通过分离率、分离频率、Shannon-Wiener多样性指数和Margalef丰富度指数等分析新疆阿魏内生真菌的分布、多样性及偏好性。【结果】本研究共分离得到内生真菌140株,经形态和分子生物学鉴定分别归属于18个属,其中,短梗霉属、链格孢属和叶点霉属为优势菌群,分别占总菌株数量的25.7%、16.4%和15.7%。不同年份的新疆阿魏中1-2年生新疆阿魏的Shannon-Wiener多样性指数(H’)和均匀度指数最高,分别为1.12和0.51,开花年份新疆阿魏的丰富度指数最高,为1.40;不同组织的新疆阿魏中,根的三项多样性指标最高,分别为1.27、1.26和0.55。此外,不同年份新疆阿魏中1-2年和3-4年生新疆阿魏中内生真菌菌群相似性系数最大,达到0.63;不同组织新疆阿魏中则以叶与茎中的相似性系数稍高,达到0.50。【结论】新疆阿魏不同年份及不同部位中的内生真菌分布及组成存在较大差异,具有一定的年份及组织的专一性。